Se trata de una especie descrita recientemente y difícil de diferenciar de Myotis nattereri con los métodos tradicionales. De hecho se consideraba hasta ahora que todas las citas correspondían a esta última.
Aunque era considerada rara y escasa en la región hasta tiempos recientes . Trabajos efectuados en las últimas décadas han demostrado que la escasez de observaciones era resultado de un artefacto de los métodos de muestreo. Al ser ésta una especie muy fisurícola, es difícil de observar en exploraciones de cavidades subterráneas. Los recientes estudios empleando métodos de trampeo a la entrada de los refugios, han demostrado que es una especie de amplia distribución en la Comunidad Valenciana.
En análisis genéticos realizados por la Estación Biológica de Doñana en 2010 indican que todas las poblaciones de la Comunidad Valenciana deben corresponder a la especie Myotis escalerai, endemismo ibérico, ya que la totalidad de las muestras analizadas repartidas entre Castellfort y Alcoi corresponden a esta especie.
Está presente en la totalidad del territorio, existiendo colonias de reproducción también en casi todo él. No se ha registrado en el Baix Maestrat y el centro de Alicante, que parecen regiones poco apropiadas para la especie por su aridez y escasez de áreas forestales.
La abundancia de la especie no está muy clara, debido a que por sus costumbres fisurícolas, la mayoría de los datos de presencia provienen de trampeos discontinuos a la entrada de los refugios. A menudo comparte refugio con el murciélago patudo (Myotis capaccinii) y con el murciélago ratonero pardo (Myotis emarginatus). La mayoría de las colonias parecen relativamente pequeñas, de menos de un centenar de individuos. Sin embargo, se han observado algunas colonias mucho mayores, como la que existe en la Ermita de Castellfort, en la cual se llegaron a contar más de 600 hembras reproductoras en la década de los 90. Podría ser más abundante y común en las zonas de clima más húmedo y más frío del territorio. Sólo hay una observación de esta especie en hibernación, pero por sus costumbres fisurícolas es fácil que pase desapercibido en esa época.
Aunque no hay información suficiente para estimar la población total, esta debe ser de varios millares.